Le travail des parties aériennes ne doit pas faire oublier l'importance d'un bon enracinement. Au même titre que la disposition des troncs de l'ikada doit être soignée, la bonne répartition des racines tout le long du tronc couché doit faire l'objet d'une attention particulière.

Là encore il faudra compter avec la vitalité de l'arbre qui n'abandonnera pas si facilement sa motte de racine d'origine.

Outre la taille sévère mais progressive de la motte, iI faudra favoriser la venue de racines tout le long de l'ikada en retirant des lambeaux d’écorce d'un ou deux centimètres sur la partie inférieure du tronc couche. Cette technique peut se révéler insuffisante, il faudra alors pratiquer une marcotte en enlevant un anneau d’écorce complet, s'il s'agit d'un feuillus. Pour un conifère, un fil de ligature épais serré autour du tronc couché sera plus efficace.